Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, η περιοχή Αλικιανού έγινε επανειλημμένα πεδίο ιστορικών γεγονότων και επίκεντρο επαναστατικής δράσης. Στα χρόνια της Ελληνικής Επανάστασης, οι επαναστάτες, με αρχηγούς τον Πρωτοπαπαδάκη και τον Βουρδουμπά, κατέλαβαν, το έτος 1823, και κράτησαν για ικανό διάστημα υπό τον έλεγχό τους ολόκληρο το λεκανοπέδιο Αλικιανού.
Κατά την Επανάσταση του 1866, ο Μουσταφά πασάς έφτασε με πολυάριθμο στρατό στ’ Αλικιανού, στρατοπέδευσε και άρχισε τις επιχειρήσεις ενάντια στους επαναστάτες στην ορεινή Κυδωνία. Κάλεσε τους Λακιώτες να παραδοθούν κι όταν αρνήθηκαν, έκαψε το χωριό. Το φθινόπωρο του ίδιου χρόνου, οι Λακιώτες Γιάνναρης, Μάντακας και Βολάνης, έκαμαν αιφνιδιαστική επιδρομή στ’ Αλικιανού, σκότωσαν 29 Τούρκους και λεηλάτησαν τις περιουσίες τους, εκδικούμενοι την καταστροφή του χωριού τους. Ύστερα από την Επανάσταση του 1866, ο Τούρκος διοικητής της Κρήτης, Χουσεΐν Αυνή πασάς, προκειμένου να ελέγξει την ανυπότακτη ύπαιθρο, κατασκεύασε, στα τέλη της δεκαετίας του 1860, μια αλυσίδα φρουρίων σε όλη την ημιορεινή ζώνη και εγκατέστησε μόνιμη φρουρά. Ένας απ’ αυτούς τους πύργους χτίστηκε στον στρατηγικής σημασίας λόφο που δεσπόζει της κωμόπολης Αλικιανού. Απ’ αυτόν προέκυψε το τοπωνύμιο “Πύργος” για την περιοχή που θα στεγάσει αργότερα τα Εκπαιδευτήρια Κυδωνίας και το σημερινό Ίδρυμα Καψωμένου. Σύμφωνα με την τοπική παράδοση, ο πύργος καταλήφθηκε και κατεδαφίστηκε από τους ντόπιους στη διάρκεια της “τυχερής Επανάστασης”.
Στην επανάσταση του 1878, ο Χατζή Μιχάλης Γιάνναρης εγκατέστησε στ’ Αλικιανού το αρχηγείο του και ανάγκασε τους Τούρκους να υποχωρήσουν. Στο Ιστορικό Αρχείο Κρήτης διασώζονται, σύμφωνα με πληροφορία του Γεωργίου Δ. Καψωμένου, ιδιόγραφα του Χατζή Μιχάλη, όπου αναφέρεται ότι “η Επαναστατική Επιτροπή συνεδρίασε στη συνοικία Καστελλιανά του Αλικιανού”.
Στην ύστερη περίοδο της Τουρκοκρατίας ζούσε στ’ Αλικιανού ο αιμοβόρος γιανίτσαρος Αρίφ Σουλάκης, που τρομοκρατούσε την περιοχή. Το 1887 τον σκότωσαν μέσα στο σπίτι του ο Δημητρογιάννης από το Βατόλακκο και ο Αλικιανιώτης Νικόλας Λουλαδάκης.
Στην Επανάσταση του 1897 αποβιβάστηκε στον κόλπο της Κισσάμου ο Τιμολέων Βάσσος, επικεφαλής ελληνικού εκστρατευτικού σώματος, με την εντολή να καταλάβει, σε συνεργασία με τους επαναστάτες, την Κρήτη και να κηρύξει την ένωσή της με την Ελλάδα. Ο Βάσσος εγκατέστησε το αρχηγείο του στ’ Αλικιανού, στο οικοδομικό συγκρότημα του Μετοχιού Ησυχάκη, που διασώζεται ως σήμερα, και από κει εξορμούσε ενάντια στους Τούρκους των Χανίων.