Κατά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, στη διάρκεια της Μάχης της Κρήτης, η περιοχή Αλικιανού έγινε θέατρο σφοδρών συγκρούσεων, καθώς άντρες και γυναίκες από την ευρύτερη περιοχή – ηλικιωμένοι και παιδιά κυρίως, που δεν είχαν επιστρατευτεί στον ελληνοϊταλικό πόλεμο – έτρεξαν να υπερασπίσουν τη γη τους ενάντια στους πάνοπλους Γερμανούς αλεξιπτωτιστές. Στη μάχη αυτή αναδείχτηκε ήρωας της τοπικής αντίστασης ο Εμμανουήλ Θ. Παπαδερός, τραυματίας του αλβανικού μετώπου, που καθήλωσε μόνος του ολόκληρη μονάδα αλεξιπτωτιστών και κατέρριψε δύο αεροπλάνα, πριν πέσει νεκρός από τα πυρά των Γερμανών. Τον Παπαδερό, επειδή ήταν στρατιώτης, τον τίμησαν οι Γερμανοί για την ηρωική του αντίσταση, απονέμοντας στους γονείς του, όταν επικράτησαν, μετάλλιο ανδρείας για το νεκρό γιο τους. Για την αντίσταση όμως των αμάχων οι κατακτητές πήραν σκληρή εκδίκηση. Στις 2 Ιουνίου 1941, συνέλαβαν, με αιφνιδιαστικό μπλόκο, 48/60 Αλικιανιώτες, κατά το πλείστον ηλικιωμένους και εφήβους, και τους εκτέλεσαν στον περίβολο της εκκλησίας του Τιμίου Σταυρού. Την 1η Αυγούστου 1941, αφού κάλεσαν τον κόσμο – που είχε, μετά την πρώτη εκτέλεση, καταφύγει στα ορεινά – να επιστρέψει στα σπίτια του, έκαμαν μπλόκο και συνέλαβαν 118 πατριώτες από τ’ Αλικιανού και τα γύρω χωριά, κι αφού τους έβαλαν ν’ ανοίξουν τους λάκκους των, τους εδίκασαν με συνοπτικές διαδικασίες και τους εκτέλεσαν κοντά στη γέφυρα του ποταμού Καιρίτη. Τα παιδιά της περιοχής που μεγάλωσαν στην Κατοχή και στην πρώτη μεταπολεμική περίοδο ήταν στην πλειοψηφία τους ορφανά.